El modelo  utilizado por el eje de Salud Pública está dado por el enfoque  ecosalud o ecosistémico, es un enfoque de investigación innovador que busca determinar las complejas interacciones entre factores ecológicos, biológicos y sociales que afectan la salud humana, así como también en cómo las personas impactan los ecosistemas, el cual está basado en seis principios fundamentales que siempre deben estar integrados. 

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Los principios que permiten aplicar el enfoque de ecosalud son: 

1) Pensamiento sistémico: el cual puede ser teoría, método y disciplina, en otras palabras, una forma de hacer las cosas a través de la cual se intenta ver la totalidad de un problema. Se indagará por las relaciones que hay entre las personas, el ambiente, la cultura, las condiciones sociales, económicas y políticas de la comunidad, el desarrollo institucional, las políticas públicas, el sistema de salud y las investigaciones que se han realizado en este u otro lugar. Estas relaciones implican un cambio constante, razón por la cual es necesario para todos los que conforman el proyecto, una mirada más amplia de la problemática y por lo tanto mayor flexibilidad y creatividad a lo hora de hacer crear e implementar acciones.

2) Equidad social y de género: plantea que es necesario lograr procesos, tanto de investigación como de solución de problemas óptimos, que sean sostenibles, pero también que sean equitativos y justos socialmente, en este sentido que reconozcan la diversidad de sujetos que forman la población y se responda a sus necesidades, sin afectar los derechos de los otros grupos. En términos de género se busca identificar las situaciones que vulneran a las mujeres y hombres a lo largo de sus vidas y en un contexto social particular y establecer como estos determinan o inciden en sus condiciones de salud, de tal manera que abordarlos sea una manera de aportar a la solución de los problemas de salud.

3) Participación social: es un proceso en el que convergen sujetos y actores sociales con diferentes intereses, roles y recursos; y a través del cual se fortalecen capacidades, para poder manifestar expectativas, preferencias e intereses.

4) Investigación transdisciplinaria: plantea que los seres humanos nos movemos en un mundo complejo, es decir, en éste se entrelazan diversas acciones unas con otras y no siempre es posible comprenderlo y explicarlo de una sola forma. Se propone abordar un problema y explicarlo desde todas las perspectivas posibles, a partir de la interacción de las más diversas personas y áreas de saber, creencias y conocimientos; y a partir de un entendimiento conjunto, articular la experiencia al conocimiento científico y el saber social en la resolución de problemas.

5) Conocimiento para la acción: busca cerrar la brecha entre investigación y acción, pero también entre comunidad, instituciones e investigadores. Se desea que los hallazgos derivados de los procesos de investigación influencien no solo a la comunidad, sino a quienes toman decisiones e investigan, promoviendo espacios comunes de aprendizaje que promuevan el uso del conocimiento en la formulación e implementación de estrategias, programas y políticas públicas.

6) Sostenibilidad ambiental: busca que las estrategias que se logren con la investigación sean armónicas y equilibradas con el ambiente, entendido este como un espacio biológico, poblacional, social, cultural, político y económico.