Todas aquellas enfermedades producidas por agentes patógenos, como son virus, bacterias, hongos, parásitos, entre otros, que se transmiten de manera directa o a través de agentes intermedios, que se conocen como vectores.

Dentro de este grupo tan amplio de entidades la Fundación Santa Fe de Bogotá, ha venido trabajando por muchos años en un programa para el control de vectores y sus enfermedades relacionadas, como son el Aedes aegipty, Malaria, etc. Trabajo desarrollado en asocio con el TDR, el IDRC de Canadá y alianzas con varias instituciones y universidades internacionales .

Al mismo tiempo, se ha incluido en los últimos años trabajo en tuberculosis, infección por virus de inmunodeficiencia humana e infección intrahospitalaria.